人相信大豆异黄酮可以抑制骨骼吸收，刺激骨骼形成。体内体外研究表明，大豆异黄酮可以帮助维持骨骼矿物质密度。

研究包括24000名没有骨折或激素治疗师的更年期女性，以问卷调查的形式掌握饮食习惯后，追踪了4年半的骨折发生率。结果显示，这些患者中发生骨折的有1770次，多吃大豆蛋白的人骨折发生率明显降低，即使调整热量摄入、经济状况、其他营养、骨质疏松危险因素，结果也没有变化。

结果最明显的是绝经10年内的女性。吃大豆可以帮助减少绝经相关骨钙损失，但对已经有骨钙损失的女性来说，逆转作用并不明显。